Intuneでアプリケーションをインストールさせる際、exeが引数のオプションに対応していれば各種設定を行った上でインストールを行えます。ただ、自分がインストールさせたいアプリケーションの多くは「ショートカットアイコンを作成しない」というオプションが存在しません。
作成されたショートカットは削除できない
おそらく、殆どのアプリケーションはシステムコンテキストでインストールさせていると思います。（Google ChromeやAdobe Acrobat Reader DC、圧縮・解凍ソフトなど、全般的な業務で利用されるもののほとんどは、特別な理由がない限りはシステムコンテキストでインストールさせていると思います。）
そうすると、（パブリックフォルダのデスクトップに）作成されるショートカットはシステムの権限を持つアカウントからのみ操作可能になります。管理者権限を持たないユーザは、明らかに必要のないショートカットがデスクトップに溢れ、うんざりさせられます。
ユーザ側で消せないなら管理者側でうまいこと消せばいいという考えになるのは当然で、実際にバッチやPowershellスクリプトで Public\Desktop内から不要なショートカットを削除しようとされるはずです。ですが、ここでIntuneの謎挙動に悩まされることになります。作成したショートカット削除バッチを使っても無反応です。ありとあらゆる手段を用いても削除はできませんでした。絶対に使わないであろう「Acrobat Reader DC」のショートカットを絶対に削除したく、諦めがつかなかったので色々模索しました。
そもそも/noicon的なインストールコマンドがあればよかったのですが!!!
削除せずに移動させる…
delコマンドを書いたバッチをいくらやっても反応せず、削除は諦めて見えないところへ移動させてみようと試したところビンゴ！システムコンテキストでmoveコマンドにてパブリックのデスクトップからドキュメントに移動させるバッチを登録したところ成功しました。
こんなしょうもないことで時間をかけてしまったと思っていましたが、デスクトップがきれいサッパリな状態でAutopilotできるのであれば、大した手間ではなかったと感じています。
もちろん、ユーザに管理者権限を与えているのであればこんなことをせずに済みます…
この管理者権限付与問題に関しては各所で議論されているとは思いますが、ユーザ側のITリテラシーや管理者側の負担、会社としての方針など、様々な検討事項がありますので、答えを出すのは大変難しいと思っています。